Pelabuhan Tanjung Laut Bontang bukan merupakan pelabuhan alami yang kemudian dikembangkan menjadi pelabuhan modern. Pada masa Bontang berubah menjadi kota administratif hingga masa-masa otonomi daerah, pelabuhan ini memiliki peran penting bagi pembangunan di Bontang. Status pengelolaan Pelabuhan Tanjung Laut mengalami 3 kali masa pergantian pengelola. Pelabuhan ini dua kali mengalami pergantian nama, dari Kantor Pengelolaan Pelabuhan (KPP) Tanjung Laut berubah menjadi Unit Pengelolaan Pelabuhan (UPP) I Bontang. Otonomi daerah menyisakan masalah rumit bagi Pelabuhan Tanjung Laut, karena pengelolaan berada pada instansi vertikal Kementerian Perhubungan RI, sementara status kepemilikan lahan berada pada Pemerintahan Kota Bontang. Dualisme status pelabuhan ini membuat pelabuhan ini lama tidak dikeruk sehingga mengalami pendangkalan. Perkembangan pemukiman penduduk di kanan kiri jalan masuk pelabuhan membuat pelabuhan ini menjadi semakin sempit. Beberapa hal menjadi penyebab terus mundurnya keadaan Pelabuhan Tanjung Laut diantaranya pendangkalan, penyempitan, dan pengurangan kegiatan pembangunan fisik di Bontang. Tantangan ke depan pengembangan pelabuhan ini yang utama adalah status kepemilikan lahan yang jelas. Jika tanah pelabuhan dihibahkan ke Kementerian Perhubungan, dana rutin pemeliharaan bisa dialokasikan untuk perawatan asset dan pengembangan pelabuhan.