Dalam kurun waktu 1998-2000 di Aceh terjadi peristiwa pasca-DOM berupa kekerasan dan kejahatan terhadap kemanusiaan yang dimulai sejak masa transisi dari presiden Soeharto ke Presiden B.J Habibie hingga masa pemerintahan Presiden Abdurrahman Wahid. Setelah penarikan DOM, muncul kelompok Ahmad Kandang mengawali penculikan dan pembunuhan terhadap anggota TNI, pembunuhan pembantu operasi DOM, yang berlanjut dengan peristiwa kekerasan lainnya dalam Operasi Wibawa yang dijalankan TNI/Polri sejak tahun 1999. Pada masa pemerintahan presiden Abdurrahman Wahid sempat ditunda pembentukan Kodam Iskandar Muda. Pada akhir pemerintahan Presiden Abdurrahman Wahid dikeluarkan kebijakan yang memberlakukan Operasi Militer Terbatas di Aceh dengan sandi OCM I (Operasi Cinta Meunasah I). Operasi Militer Terbatas ini berjalan sejak awal tahun 2001 hingga pergantian estafet presiden ke Megawati Soekarno Putri pada tanggal 23 Juli 2001 dalam Sidang Istimewa MPR. Pergantian ini ternyata tidak menghentikan konflik Aceh yang terus menerus melahirkan peristiwa kekerasan pasca-DOM hingga tercapainya kesepakatan perdamaian antara RI-GAM dalam MoU Helsinki pada 15 Agustus 2005.