Dibentuknya Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional berawal dari kesadaran bahwa ada perbedaan tingkat kemampuan dalam masyarakat untuk menyerap dan memanfaatkan serta menanggapi hasil-hasil dari pembangunan yang sedang di jalankan. Kesadaran bahwa masyarakat dan budaya di Indonesia beraneka ragam dan perlu adanya kelestarian dalam rangka menunjang upaya pengembangan kebudayaan Nasional. Dengan mempertimbangkan wilayah Culture dari masing-masing daerah, maka terbentuklah 11 (sebelas) Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional yang mempunyai bidang kajian yang berbeda-beda. Sebagai salah satu Unit Pelaksana Teknis Departemen Kebudayaan dan Pariwisata, Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional Pontianak mempunyai wilayah seluruh Pulau Kalimantan dan ini ditetapkan oleh Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata No : PM.38/OT.001/MKP/2006 tanggal 4 September 2006, tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional. Balai Kajian Sejarah dan Nilai Tradisional Pontianak yang telah berganti nama menjadi Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional yang biasa disebut Balai Pelestarian secara operasional mulai berjalan pada tahun 1990 dengan menempati gedung yang ada di Jalan Letjen Sutoyo Pontianak. landasan Hukum yang memberi kewenangan terhadap Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional Pontianak dalam menjalankan tugasnya dapat ditelusuri dari sejarah/kronologis terbentuknya UPT dari awal hingga saat ini adalah :

1. Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor : 0486/0/1989, tanggal 4 Agustus 1989, tentang organisasi dan tata kerja Balai Kajian Sejarah dan Nilai Tradisional di empat lokasi.
2. Keputusan Kepala Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata Nomor : KEP-01/BP.BUDPAR/2001, tanggal 13 Desember 2001, tentang Organisasi dan TataKerja Badan Pengembangan Kebudayaan dan Pariwisata.
3. eputusan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor : KM.52/OT.001/MKP/2003 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Kajian Sejarah dan Nilai Tradisional.
4. Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor : PM.17/HK.001/MKP-2005 tentang Organisasi dan Tata kerja Departemen Kebudayaan dan Pariwisata.
5. Peraturan Menteri Kebudayaan dan Pariwisata Nomor : PM.17/OT.001/MKP-2006 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional.

Atas dasar landasan hukum diatas Balai Kajian Sejarah dan Nilai Tradisional Pontianak yang selanjutnya disebut Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Tradisional Pontianak adalah merupakan Unit Pelaksana Teknis di lingkungan Departemen Kebudayaan dan pariwisata berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Direktur Jenderal Nilai Budaya, Seni dan Film yang sehari-harinya dilaksanakan oleh Direktur Tradisi, dan sepanjang yang berkaitan dengan sejarah dikoordinasikan dengan Direktur Jenderal Sejarah dan Purbakala.

Sesuai dengan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No 53 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pelestarian Nilai Budaya dan di Undangkan oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia maka pada tanggal 20 Juli 2012 Balai Pelestarian Sejarah dan Nilai Budaya berganti nama menjadi Balai Pelestarian Nilai Budaya yang berada dibawah naungan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan.